Em sua concepção, o Mestrado Profissional em Odontologia Clínica levou em consideração que, para um curso ser afinado com as influências externas e com a qualidade, não pode ser pautado na dissociação entre competências e habilidades profissionais e o conceito de saúde e nas necessidades básicas em saúde no contexto social. Em vários casos, os principais temas de debate da qualidade sobre educação superior são de manutenção e aperfeiçoamento das ações consolidadas em repetidas tentativas de melhorar o que já está posto sem, contudo, implementar mudanças estruturais profundas. Há que se compatibilizar a pesquisa e transmissão do saber com as demandas sociais. Esta concepção de ensino aponta para a priorização do desenvolvimento social apoiado na tecnologia e não na supervalorização desta última.

O homem e as relações sociais como pontos centrais do processo educativo traduzem o conceito de qualidade deste curso.

Nesta perspectiva, o programa de Mestrado Profissional em Odontologia Clínica prioriza a integração entre as áreas de conhecimento e contempla a formação de profissionais com sensibilidade social consolidada numa prática clínica integrada e na pesquisa de impacto para transformações na realidade social do nosso país. De acordo com as recomendações das Diretrizes Curriculares Nacionais para Cursos de Graduação em Odontologia (DCN), o perfil a ser alcançado na formação do cirurgião-dentista é de um profissional com competência técnica, com profundo conhecimento das demandas sociais no que se refere à saúde, competência humanística e ética a ponto de ser agente integrante e transformador da realidade.

Esta concepção pedagógica está também presente neste programa e, portanto, o principal objetivo deste curso é capacitar profissionais, com qualificação para a prática clínica e para a pesquisa, estruturando-se nas novas tendências da profissão, ou seja, formar um profissional generalista com uma alta competência técnica, científica e crítica, voltado para o processo multidisciplinar. Porém, aos que desejam a complementação desta formação para a prática da docência, este curso oferta disciplinas optativas de Metodologia do Ensino Superior e Estágio Docente. Assim, se o aluno optar por tal complementação, além de profissional com qualificação diferenciada para a prática clínica e a pesquisa, terá a oportunidade de se capacitar na docência adquirindo o perfil do professor requerido pelas Diretrizes Curriculares Nacionais para Cursos de Graduação em Odontologia, que recomenda a formação do clínico generalista resolutivo e com forte tendência à prevenção e diagnóstico precoce das doenças bucais.

 
O programa de Mestrado Profissional em Odontologia Clínica é voltado para cirurgiões-dentistas, sendo ou não especialistas em qualquer área.